朴次茅斯足球俱乐部于1898年成立，主场位于汉普郡港口城市朴次茅斯的弗拉顿公园球场。
1898年4月5日五名商人在律师见证下成立“朴次茅斯足球及競技有限公司”，并集资在金匠大道附近购入一块土地作为成立新球队之用（即弗拉顿公园球场现址）。球队以刚因违反业余规例而被迫解散的皇家步兵队为蓝本，成功取得南部联赛的参赛资格，首场联赛在1899年9月2日作客1-0击败查塔姆，首季即在28场比赛胜出20场，取得南部联赛亚军，翌年更进一步获得冠军。但朴次茅斯在1910-11赛季不幸降级，从谢周三招聘卜·布朗成为主教练，只一季便回升，但朴次茅斯却债台高筑，陷入财务危机。
二次大战后，朴次茅斯成英国联赛的强队之一，于1949年（朴次茅斯成立的金禧年）及1950年连续取得两届联赛冠军。但自冠军主教练卜·积臣在1952年转投赫尔城后，球队青黄不接，自此每下愈况，1959年降级乙组，1961年再降级丙组，虽然只花一季便以冠军身份回升乙组，但往后十多年只能维持在乙组平凡渡过。约翰·迪肯在1972年成为朴次茅斯主席并注入现金仍未能扭转形势，球队在1976年再次降级丙组。1976年11月朴次茅斯急需25,000英镑偿还债务以避免破产，最终由当地报章＂新闻报＂发动球迷捐助才渡过难关。球队出售球员以解财困，更被迫以青年球员出战，结果在1978年沦落在丁组联赛角逐。
终于在1998年12月宣告清盘。美籍塞尔维亚商人曼达里奇在1999年5月收购朴次茅斯，俱乐部获注资增兵但仍无起色。前西汉姆联主教练哈利·列纳于2002年执掌朴茨茅斯，占·史勿夫为其副手，到任即定下取得升级资格为目标，最终由头领放至尾，以甲组联赛冠军身份升上英超。
2005/06赛季开季成绩未如理想，继扎耶奇以家庭为由离职后，曼达里奇在2005年11月24日宣布辞退上任短短八个月的佩兰，由教练祖·佐敦暂时领军。12月7日朴次茅斯与南安普顿达成补偿协议，将前主教练哈利列纳带回弗拉顿公园球场。
2006年1月2日，朴次茅斯发表声明，曼达里奇已经把一半所有权转让给30岁的法籍俄罗斯富翁亚历山大·盖达马克。7月19日曼达里奇将余下股权以3,200万英镑卖给盖达马克，并于9月21日宣布在周一对博尔顿赛后辞任主席。
2008年5月17日，在温布利球场举行的2008年英格兰足总杯决赛中，朴次茅斯以1-0击败卡迪夫城，第二次夺得英格兰足总杯冠军，亦打破近几届由英超四强（曼联、切尔西、阿森纳、利物浦）球队垄断的局面，并取得2008年至2009年欧洲联盟杯参赛资格。
2009年5月27日阿联酋阿布扎比发展和投资联合集团首席执行官苏莱曼·阿尔-法希姆以个人名义成功收购球队，阿尔-法希姆是集团去年收购曼城的牵头人，8月26日阿尔-法希姆成功以估计6,000万英镑收购球队，成为单一东主。10月5日阿尔-法希姆将90%的股份转让予沙特阿拉伯商人阿里·阿尔-法拉治。