1988年4月大连铁路足球队成立。1989年大连铁路足球队开始参加乙级联赛。1994年2月转为半职业化球队大连铁路足球俱乐部队，并以大连铁路分局利创足球队之名取得了当年乙级联赛季军，升上甲B联赛。1995年大连铁路队降级至乙级联赛，毅腾集团出资冠名为大连铁路毅腾足球队。1996年毅腾集团正式接手球队，成立职业化球队大连毅腾连铁足球俱乐部队。
1997年大连毅腾与降回乙级的大连顺发足球俱乐部合并。同年毅腾队离开大连火车头体育场，第一次将主场迁至外地，队名更名为鞍山毅腾连铁队。1999年有望冲入甲B的球队遭遇“69事件”，在抽签中失去冲甲机会。俱乐部以800万元人民币将毅腾一、二线队转售给大连实德足球俱乐部，一度退出了足坛。
2005年，球队俱乐部将主场迁往哈尔滨，12月20日经中国足协正式批准更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨毅腾队，重新进入职业联赛。2006年中国足球乙级联赛取得亚军，经过12年的努力终于成功重返次级联赛，升级中国足球甲级联赛。
2007年在中甲联赛中，在联赛最后16轮的比赛中还未获一胜，创下中甲两项新记录。但是因呼和浩特足球俱乐部退出中甲联赛而保级成功。
2008年3月，球队将主场迁往烟台，并在中甲联赛开赛前经中国足协正式批准更名为大连毅腾足球俱乐部烟台毅腾飓风队。上半程球队表现抢眼，一度有冲超希望。但下半程球队内部动荡不安，赞助不到位，连续不胜。最后使球队在当季中甲以最后一名完成比赛，再次降级到中国足球乙级联赛。
2009年球队迁回大连，重新用回原名大连毅腾足球队，以辽宁师范大学作为主场，征战中国足球乙级联赛。
2011年球队将主场迁离出大连。随着大连实德的复苏、大连阿尔滨强势冲甲，留给大连毅腾队的发展空间越来越窄。经过大连毅腾足球俱乐部慎重的考虑和长期的调研，把球队主场迁回哈尔滨。更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨松北毅腾队。球队在乙级联赛以北区预赛第二名晋级决赛阶段，在半决赛哈尔滨毅腾是唯一一支来自北区的球队，球队在决赛以点球决胜方式击败重庆队获得乙级联赛冠军，在时隔三年后重返中甲联赛。
2012年由于大连阿尔滨的冲超成功等外部生存环境的限制，球队婉拒了大连市足球协会关于回归大连的提议，以哈尔滨毅腾足球俱乐部哈尔滨松北毅腾足球队之名，征战2012年中国足球甲级联赛，但注册地仍为大连市足球协会。