深圳足球俱乐部由容志行、曾雪麟、胡之刚等人努力下在1994年1月26日正式挂牌组建，是一家会员制职业足球俱乐部，球队成立当年在俱乐部首任主教练胡之刚的带领下即获得乙级联赛冠军，1995年升入甲B联赛并获得当年冠军，并于成立第三年（1996年）升入当时的中国足球顶级联赛甲A联赛，“三连跳”创造了中国足坛一支球队从成立到进入顶级联赛的最快纪录，但球队于同年因战绩不佳重新降入甲B。
1997年平安保险集团全资收购深圳俱乐部，俱乐部冠名为深圳平安，获得甲B联赛亚军，重新得到甲A联赛晋级资格，从此一直留在顶级联赛中。1998年俱乐部聘请了韩国人车范根担任主教练，车范根是俱乐部首位外籍主教练，同时在国内外引起强烈反响。当年以及第二年（1999年），球队均保级成功。
2000年，5月朱广沪接替因“平安六君子事件”下课的巴西人塔瓦雷斯成为深圳足球队的主教练，获联赛第九名；2001年获得第五名；2002年获得联赛亚军，这是球队在甲A联赛的最佳成绩。12月，广东健力宝集团全资收购了深圳足球俱乐部。
2003年，深圳更名为深圳健力宝足球俱乐部，最终获得联赛第四名。这段时间球队拥有李玮锋、李毅、杨晨、郑智、郑斌等国脚，成为当时拥有现役国脚最多的甲A球队；2004年在朱广沪带领下，球队夺得了首个联赛冠军，成为第四支染指过顶级联赛冠军的球队。但是与荣誉同时到来的则是从此长期困扰俱乐部的财政问题，首届中超的冠军居然是在球员半年没有拿到工资的情况下获得的，而获得冠军的多名功臣也成为此后数年内球队出售换取资金的筹码。
2005年，在队中地位颇高的主教练朱广沪被中国足协选中，离开球队担当国家队主教练，引致队内一批国脚和实力选手出走，球队实力大受影响。随后迟尚斌担任主帅，但因为其与球队中的一些“球霸”关系紧张，球队成绩差强人意，也被迫下课。在这一年内球队竟换了三位主教练分别是迟尚斌、郭瑞龙和谢峰，结果全年只有4场赢球，在14支球队中仅列第12名，成为中国足球12年来成绩最差的卫冕冠军。尽管有种种困难，球队中超杯获得亚军及亚冠联赛晋身半决赛，创造了不错的成绩。11月，广东健力宝集团转让深足90%的股权，并继续拥有深足的10%股权。
2006年，球队更名为深圳金威啤酒队，这个赛季聘请了王宝山担任主教练，最终以第11名完成中超。2007年，球队又更名为深圳香雪上清饮队，最终以第14名完成中超。2008年，在赛季之前深圳队就几乎面临解散的危局，最终通过深圳市足协托管而保留下来；4月1日在次轮比赛之前，深足就正式宣布麦超下课。麦超创下了中超联赛以来的下课最早纪录；7月底请回了前主教练王宝山担任技术顾问，中超保级成功。
2009年深圳队在联赛间歇期从上海申花打包租借了毛剑卿、巴尔克斯、陈雷三名球员，并签约曾效力天津泰达的佐里奇，实力获得很大提升。在主场对上海申花的比赛错穿球衣被中国足协扣除联赛积分3分的不利情况下，球队在联赛最后10轮取得6胜4平的不败战绩，完成了保级。