美因茨于1988年曾升级到职业的德乙一个球季，降级后于1990年再次返回德乙，最初美因茨被视为降级热门，每季需为护级而苦苦挣扎。在非正统的主教练沃尔夫冈·弗兰克任教期间，美因茨成为少数采用平排四人防线的德国球队，有别于一般采用人钉人加清道夫的防守战术。
1997年、2002年及2003年获得3个升级名额之后的第四位而未能到顶级联赛中角逐，2002年获得64分而成为历来德乙得分最高而未能升级的球队；2003年更于最后一场比赛补时的93分钟才被否定升级的权利。但努力最终没有白费，，在顶级联赛中逗留三个球季。
美因茨于2004/05球季比赛成绩上有了很大的突破，经由欧洲足协的“公平竞技榜”而获得了参加欧洲足协杯的机会。在2008-09赛季的德乙联赛中，美因茨获得第2位，直接升入2009-10赛季的德甲联赛。
2016/17赛季球队的球衣赞助商是乐途(Lotto)。