克罗托内在1923年成立之初,参加了好几次低级别的联赛。第二次世界大战后,一个新的俱乐部取代了以前的旧俱乐部,并在意甲打拼了七个赛季。在1963年降级,并且回到丙级联赛长达14个赛季之久。
1978年,意大利足球联盟重组,克罗托内被降级到乙级,并在第二年被宣布破产。在1984-85赛季,为了适应意大利足球的分类,克罗托内进行了重组,其名称也改为Kroton足球俱乐部。在1986-87赛季,重组后首次回到意甲,并在意甲打拼到1991年。克罗托内在新主席拉菲尔的带领下,连续获得晋升的机会,并在1997年和1998年意甲取得好成绩。近十多年间,俱乐部在意大利几级联赛中起伏,最终在2008-09赛季结束时升入意乙。